En la Edad Moderna las Órdenes Militares fueron controladas por los Reyes Católicos que las descabezaron de sus maestres asimilándolas a la Corona y poniéndo al servicio de esta sus hombres, rentas y señoríos. El Consejo de Órdenes se encargó de controlar la administración de todo lo concerniente a las Órdenes Militares. Los caballeros cruzados medievales se fueron convirtiendo en personajes de carácter nobiliario que gozaron de las rentas que los vasallos de los señoríos producían a cambio de su protección y patronazgo. 

La organización de la Orden de Alcántara durante la Edad Moderna fue evolucionando a partir de la incorporación de los bienes por los Reyes Católicos. Los señoríos y su liquidez fueron demandados por las principales personalidades al servicio de la monarquía por constituir una segura pensión anual que debido a la presencia de los diezmos como recurso importante de las encomiendas los dividendos crecían con los años esquivando el fenómeno de la inflación.

A finales del siglo XVIII la Orden se organizaba en una serie de partidos geográficos, siendo el Partido de Alcántara el de mayor entidad, con la propia villa de Alcántara como cabeza de partido.

La Orden Militar de Alcántara tuvo Gobernadores y Alcaldes Mayores, cargos de la administración de justicia durante el Antiguo Régimen en España, y con la misma función que los Corregidores, durante la Edad Moderna. Tuvo un alto valor práctico y simbólico, pues constituía la expresión más contundente del poder señorial. El gobernador estaba en contacto con la realidad cotidiana del territorio y ejercía la jurisdicción, debía preservar la paz, era el elemento clave del intervencionismo señorial en el control del municipio y en la cadena de solidaridades. Además debía garantizar el cobro de rentas y la buena administración de los bienes y derechos del titular. En la Edad Moderna había un gobernador nombrado al frente de cada uno de los partidos, nombrado por el Consejo de Órdenes, con similares atribuciones a las de los Corregidores Reales. Si el gobernador era de capa y espada podía tener un alcalde mayor letrado. Entre finales del siglo XVI y principios del XVIII se nombraron alcaldes mayores en las ciudades más importantes, por evitar sublevaciones y por un mayor control fiscal. En el siglo XVIII aumentó el número de alcaldías mayores con la idea de mayor control sobre los territorios de las Órdenes. En 1715 Felipe V exigía que los Gobernadores tuvieran título de "Capitán de Guerra" para poder ostentar este cargo en el territorio de las Órdenes Militares. Para ocupar estas gobernaciones concurrían varios militares y el Consejo elegía a uno de ellos, pudiendo prorrogarles el cargo si convenía. Estos podían hacer una visita cada seis años en los pueblos que comprendían esta gobernación.

El Rey elegía entre una terna que el Consejo de Órdenes había preparado previamente. De los tres nominados normalmente era el situado primero el que se hacía con el cargo. Se puede observar como los nombres se repiten pasando de un puesto a otro entre los territorios de Órdenes, aunque también entraron estos personajes a territorios de realengo. Los territorios de Órdenes fueron una cantera de gobernadores y letrados que luego pasaron a ocupar puestos más importantes en la administración de la monarquía.

En 1749 el Rey firmaba en el Palacio de Buen Retiro un documento por el que debían ser propuestos por las vías reservadas de Guerra y Hacienda los siguientes gobiernos para la Orden Militar de Alcántara: Alcántara, Villanueva de la Serena, Gata y Valencia de Alcántara.

Los gobernadores y alcaldes mayores del territorio de la Orden de Alcántara debían tras la toma de posesión visitar los términos del señorío controlando la regularidad de las delimitaciones del mismo, comprobar que los impuestos que se pagaban se realizaba conforme a las leyes y debían anotar en un libro las penas de cámara y los gastos de justicia que se generasen por su administración. Entre sus funciones estaban el control de los presos condenados, la seguridad de los caminos y campos del señorío, la conservación de los montes, plantíos, la caza y la pesca del territorio, ejercer un control entre la jurisdicción religiosa y la señorial para evitar litigios, inspeccionar la administración de Casas de Niños Expósitos, Casas de Doctrina y Pósitos de las villas a su cargo. Para las inspecciones de las villas y lugares del señorío tenían limitado el gasto y los días de visita, para no abusar de este derecho, no pudiendo estar más de diez días de visita y en los lugares pequeños donde no llegaban a 200 vecinos no podían "visitar" más de seis días.

Entre sus tareas de control estaban las de cuidar que el Consejo de Ordenes supiera "todo lo que se ofreciere digno de remedio en todo el distrito", así como los excesos que cometieran los jueces de comisión o los militares. Controlaban las armas de fuego del señorío, así como el uso de "trages de hombres y mujeres" en relación a las costumbres. Debían reconocer el estado de las encomiendas que quedaban bajo su cargo y estaban sujetos a juicios de residencia que controlaban a su vez sus actividades. Debía asistir "con particular cuidado y diligencia" al cobro de las rentas de las mesas maestrales y otros derechos económicos que perteneciesen al Rey con su responsabilidad sobre la adecuada administración de estos caudales. La nómina de los gobernadores y alcaldes mayores procedía en su mayor parte de las rentas de las mesas maestrales y por ello debían requerir al Contador de la mesa maestral del partido su dinero.

Los Gobernadores y Alcaldes Mayores de los territorios de la Orden de Alcántara se repartían por todos sus territorios. De especial interés para la monarquía fueron Alcántara, Villanueva de la Serena, Gata y Valencia de Alcántara que contaron con gobernadores y el resto tuvo alcaldes mayores letrados.

En Alcántara el gobernador era el cargo más importante de la villa y tenía distintos ingresos procedentes de la tesorería del ejército. Era obligatorio para poder ostentar este cargo ser miembro de cualquier Órden Militar. Como gobernador político cobraba la renta decimal del maestrazgo y como superintendente general de las rentas cobraba otras cantidades de "Yerba, Tabaco, provinciales y la cuarta parte de los decomisos por contrabando". Estos gobernadores tenían de situado en la mesa maestral 5.147 r., (175.000 mrs. anuales) y los alcaldes mayores tenían como salario 3.308 r. (112. 500 mrs. anuales). 

En Valencia de Alcántara la mesa maestral aportaba 100.000 mrs. [2.041 r.] anuales aplicados como salario al cargo de gobernador. En Gata la figura del gobernador gozaba de un salario de 80.000 mrs. [2.352 r.], de los cuales la cantidad de 47.488 mrs. procedían de la mesa maestral y el resto "de las villas eximidas" (otros datos indican 2.927 reales, de los cuales 1.342 salían de la mesa maestral). Los gobernadores eran denominados "de tercera clase" y no había en esta villa alcalde mayor. En la villa de Brozas existía vara de alcalde mayor desde 1566 y se había creado por distintos "excesos" que se cometieron en la villa. La extremeña villa de Ceclavín tuvo vara de alcalde mayor en 1752 con 3.300 reales de salario de la mesa maestral. Cilleros había recibido su vara de alcalde mayor en 1774 con 4.000 reales de salario anual. El primer nombramiento fuer para Tomás Mozo de la Linde (1775) al que sucedieron otros seis alcaldes mayores antes de la guerra: (1780) Ignacio de Yanguas y Segovia, (1784) Manuel Martínez de Baños, (1791) Josef Antonio de Oscoz y Recarte, (1797) Nicolás Fernández Pillado, (1803) Julián Álvarez de la Fuente y (1807) Luis Santiago Guerrero.

Los alcaldes mayores dejaron de existir en 1834 cuando se establecieron los Jueces de primera instancia quienes tenían las facultades judiciales que los alcaldes mayores tenían, mientras las facultades gubernativas y económicas se distribuyeron entre las autoridades administrativas.

Mapa geográfico del Partido de Alcántara Comprehende el Gobierno de su nombre, el de Gata, el de Valencia de Alcántara, las Varas de Brozas, Ceclavín y Cilleros / Hecho de acuerdo y a costa del Real y Supremo Consejo de las Órdenes. Por Don Tomás López, Geógrafo de los Dominios de S. M. Año de 1785

Fuente: La casa de Borbón y las Órdenes Militares durante el siglo XVIII (1700-1809) - Juan de A. Gijón Granados