La guerra de la Independencia consolidaba el inicio de la nueva época. La estructura del Estado Español cambió sustancialmente, y dentro de ella, también el poder municipal. El Ayuntamiento de Cilleros, en poco tiempo, sufrió importantes transformaciones. La guerra que se había iniciado en 1808 y la Constitución de Cádiz de 1812 de alguna manera acabaron con los modos y las formas del Antiguo Régimen.

Por entonces, el modelo de Ayuntamiento borbónico implantado en siglo XVIII respondía al modelo de  Ayuntamiento castellano presidido por un Corregidor, asistido, en su caso, del Alcalde Mayor, y un número variable de Regidores. Le seguiría el Ayuntamiento afrancesado, resultado de un corto periodo de ocupación francesa; se produjeron algunos cambios en la estructura y competencias del municipio respecto del Ayuntamiento borbónico. Cuando en 1808 estalla la guerra de la Independencia, comienza, en realidad, algo más que una guerra. Guerra contra los franceses, contra Napoleón, pero también revolución que se levanta en contra de un sistema caduco y absolutamente agotado. Éstas son las dos lecturas que se hacen del conflicto bélico que duraría hasta 1814. La aprobación del primer texto constitucional español en Cádiz (la Pepa), el 19 de marzo de 1812, abría, al menos en forma de ensayo, una nueva época. El estado liberal nacía en Cádiz proclamando los principios revolucionarios franceses de separación de poderes, soberanía nacional, de igualdad, de representatividad, de libertad. Y esos principios se aplicarían a todas y cada una de las instituciones. También al municipio. Una instrucción posterior del 13 de junio de 1813 completaba la regulación para el gobierno económico y político de los ayuntamientos. El ayuntamiento constitucional, electivo y representativo fue instalado en Cilleros aunque no sabemos si con prontitud.

Nos da una pista el hecho que en el último tercio del siglo XIX el ya Ayuntamiento Constitucional de Cilleros elabora una nueva versión del emblema municipal consistente en un sello ovalado que muestra un escudo real de cuatro cuarteles, representando las armas de Castilla y León con las tres flores de lis en la intersección de los mismos. Alrededor del escudo aparece la leyenda: "AYUNTAMIENTO CONSTI. DE CILLEROS".


En un documento firmado en 1876, digitalizado por los Archivos Estatales, encontramos información sobre el citado sello:

No se tiene noticias de que haya existido otro sello en esta Municipalidad mas que el que antecede copiado, el cual es el mismo que hoy usa este Ayuntamiento, no sabiéndose del origen de aquel otra cosa más que el Ayuntamiento que cesó en Septiembre de 1868 lo encargó así a un grabador que por esta pasó autorizado por el Gobierno Civil de esta provincia para practicar estos trabajos y desde cuya fecha se viene usando sin interrupción el mencionado sello. Cilleros, 10 de Octubre de 1876.

Al parecer ser que el sello se estuvo usando hasta mediados de la década de 1980, fecha en la que no le llegó su fin, sino que simplemente desapareció.