El dominico sevillano Alonso de Hojeda convenció a la reina Isabel, durante su estancia en Sevilla entre 1477 y 1478, de la existencia de prácticas judaizantes entre los conversos andaluces. Un informe, remitido a solicitud de los soberanos por Pedro González de Mendoza, arzobispo de Sevilla, y por el dominico Tomás de Torquemada, corroboró este aserto. Para descubrir y acabar con los falsos conversos, los Reyes Católicos decidieron que se introdujera la Inquisición en Castilla, y pidieron al Papa su consentimiento. El 1 de noviembre de 1478 el Papa Sixto IV promulgó la bula Exigit sinceras devotionis affectus, por la que quedaba constituida la Inquisición para la Corona de Castilla, y según la cual el nombramiento de los inquisidores era competencia exclusiva de los monarcas. Sin embargo, los primeros inquisidores no fueron nombrados hasta dos años después, el 27 de septiembre de 1480.

Aunque la Inquisición fue creada para evitar los avances de la herejía, se ocupó también de una amplia variedad de delitos que sólo indirectamente pueden relacionarse con la heterodoxia religiosa. Sobre el total de 49.092 procesados en el período de 1560 a 1700 de los que hay registro en los archivos de la Suprema fueron juzgados los siguientes delitos: judaizantes (5.007); moriscos (11.311); luteranos (3.499); alumbrados (149); supersticiones (3.750); proposiciones heréticas (14.319); bigamia (2.790); solicitaciones (1.241); ofensas al Santo Oficio (3.954); varios (2.575).Estos datos demuestran que no sólo fueron perseguidos por la Inquisición los cristianos nuevos (judeoconversos y moriscos) y los protestantes, sino que muchos cristianos viejos sufrieron su actividad por diferentes motivos.

A pesar de ser competente en asuntos religiosos, la Inquisición fue un instrumento al servicio de la monarquía. En general, sin embargo, esto no significaba que fuese absolutamente independiente de la autoridad papal, ya que para su actividad debía contar, en varios aspectos, con la aprobación de Roma. Aunque el Inquisidor General, máximo responsable del Santo Oficio, era designado por el rey, su nombramiento debía ser aprobado por el Papa. El Inquisidor General era el único cargo público cuya competencia alcanzaba a todos los reinos de España (incluyendo los virreinatos americanos). Tanto fue así, que en ciertas ocasiones la corona utilizaba a la Inquisición para detener a personas que habían sido condenadas en Castilla y se encontraban en zonas protegidas por fueros.

El Inquisidor General presidía el Consejo de la Suprema y General Inquisición (generalmente abreviado en «Consejo de la Suprema»), creado en 1478, formado por seis miembros que eran nombrados directamente por el rey (el número de miembros de la Suprema varió a lo largo de la historia de la Inquisición, pero nunca fue mayor de diez). Con el tiempo, la autoridad de la Suprema fue creciendo, y debilitándose el poder del Inquisidor General. La Suprema se reunía todas las mañanas de los días no feriados, y además los martes, jueves y sábados, dos horas por la tarde. En las sesiones matinales se trataban las cuestiones de fe, mientras que por la tarde se reservaban a los casos de sodomía, bigamia, hechicería, etc. Dependientes de la Suprema eran los diferentes tribunales de la Inquisición, que en sus orígenes eran itinerantes, instalándose allí donde fuera necesario para combatir la herejía, pero que más adelante tuvieron sedes fijas. En una primera etapa se establecieron numerosos tribunales, pero a partir de 1495 se manifiesta una tendencia a la concentración.

Cada uno de los tribunales contaba al inicio con dos inquisidores, un «calificador», un alguacil y un fiscal. Con el tiempo fueron añadiéndose nuevos cargos. Los inquisidores eran preferentemente juristas, más que teólogos, e incluso en 1608 Felipe III estipuló que todos los inquisidores debían tener conocimientos en leyes. La mayoría de los inquisidores pertenecían al clero secular (sacerdotes), y tenían formación universitaria. El procurador fiscal era el encargado de elaborar la acusación, investigando las denuncias e interrogando a los testigos. Los calificadores eran generalmente teólogos; a ellos competía determinar si en la conducta del acusado existía delito contra la fe. Los consultores eran juristas expertos que asesoraban al tribunal en cuestiones de la casuística procesal. El tribunal contaba además con tres secretarios: el notario de secuestros, quien registraba las propiedades del reo en el momento de su detención; el notario del secreto, quien anotaba las declaraciones del acusado y de los testigos; y el escribano general, secretario del tribunal. El alguacil era el brazo ejecutivo del tribunal: a él competía detener y encarcelar a los acusados. Otros funcionarios eran el nuncio, encargado de difundir los comunicados del tribunal, y el alcalde, carcelero encargado de alimentar a los presos. Además de los miembros del tribunal, existían dos figuras auxiliares que colaboraban en el desempeño de la actividad inquisitorial: los familiares y los comisarios. Los familiares eran colaboradores laicos del Santo Oficio, que debían estar permanentemente al servicio de la Inquisición. Convertirse en familiar era considerado un honor, ya que suponía un reconocimiento público de limpieza de sangre y llevaba además aparejados ciertos privilegios. Aunque eran muchos los nobles que ostentaban el cargo, la mayoría de los familiares eran de extracción social popular. Los comisarios, por su parte, eran sacerdotes regulares que colaboraban ocasionalmente con el Santo Oficio.

Uno de los aspectos más llamativos de la organización de la Inquisición es su forma de financiación: carentes de un presupuesto propio, dependían exclusivamente de las confiscaciones de los bienes de los reos. No resulta sorprendente, por tanto, que muchos de los encausados fueran hombres ricos.

La llegada de la Ilustración a España desaceleró la actividad inquisitorial. En la primera mitad del siglo XVIII se quemó en persona a 111 condenados, y en efigie a 117, la mayoría de ellos los denominados «judaizantes». En el reinado de Felipe V el número de autos de fe fue de 728. Sin embargo, en los reinados de Carlos III y Carlos IV sólo se quemó a cuatro condenados. La Inquisición fue abolida durante la dominación de Napoleón y el reinado de José I (1808-1812). En 1813, los diputados liberales de las Cortes de Cádiz lograron también su abolición, en buena medida por la propia condena que el Santo Oficio había realizado de la sublevación popular contra la invasión del francés. Pero fue restaurada cuando Fernando VII recuperó el trono el 1 de julio de 1814. Fue de nuevo abolida durante el Trienio liberal. La Inquisición fue definitivamente abolida el 15 de julio de 1834 por un Real Decreto firmado por la regente María Cristina de Borbón, durante la minoría de edad de Isabel II y con el visto bueno del Presidente del Consejo de Ministros Francisco Martínez de la Rosa.

¿Y por qué hemos visto como funcionaba, a quien perseguía, quiénes la constituían, cómo se financiaba la Inquisición española?. Pues porque en una de las calles que desembocan en la céntrica Plaza de San Blas, la llamada calle de la Fuente, encontramos una casa en cuya fachada podemos observar un escudo elaborado en granito. Lo primero que observamos es que dicho escudo aparece borroso en su parte central, lo que hace pensar que fue intencionadamente raspada la piedra con la pretensión de hacer desaparecer el simbolismo de la misma.

Este estado de deterioro y posible raspadura del escudo dificulta el reconocimiento a simple vista de los símbolos que encierra. Al observarlo más detalladamente, se aprecia que presenta los siguientes elementos: una cruz central, una espada a la derecha de la cruz y una rama de olivo a la izquierda. Los elementos centrales son suficientes para identificar que se trata del escudo de la Inquisición Española o Santo Oficio. A ambos lados de la cruz, la espada simboliza el trato a los herejes, la rama de olivo la reconciliación con los arrepentidos: “se juzgaba a los acusados con dureza, y luego se reconciliaba con ellos matándolos con misericordia”.

En la parte inferior del escudo aparece una inscripción horizontal con las siguientes palabras: "MART. BALLEST. RODRIG.", las cuales nos quieren indicar el nombre de un miembro de la Inquisición; posiblemente se trate de la casa de un familiar de la Inquisición, Martín Ballesteros Rodríguez , persona que se nombraba en los pueblos, encargada de vigilar y denunciar posibles delitos para el Santo Oficio.

Escudo del Santo Oficio de la Inquisición, calle La Fuente nº 10, Cilleros

El Familiar de la Inquisición era el miembro de menor nivel dentro de la Inquisición española. Sin necesidad de tener ningún tipo de voto monástico ni ingresar en el clero (eran laicos), sus funciones eran las de informar de todo lo que fuera de interés para la institución y ocurriera dentro de la sociedad, en la que estaban integrados, como una tupida red de espionaje o servicio de información. Se beneficiaban económicamente de sus delaciones, además de estar protegidos ellos mismos de una posible persecución por las mismas causas que informaban. El hecho de que los acusadores en los procesos inquisitoriales no fueran públicos ni pudieran ser conocidos por los acusados, les hacía temibles. Debían estar permanentemente al servicio de la Inquisición. Convertirse en familiar era considerado un honor, ya que suponía un reconocimiento público de limpieza de sangre y llevaba además aparejados ciertos privilegios. Aunque eran muchos los nobles que ostentaban el cargo, la mayoría de los familiares eran de extracción social popular.

Cercana a esta casa se encuentra la cárcel o mazmorra del ayuntamiento, aunque existían otros elementos en la villa que garantizaban el buen funcionamiento de la institución como podrían ser la Cofradía de la Vera Cruz, o la Cofradía del Espíritu Santo, que tenia su Ermita del mismo nombre en la salida de Cilleros hacia Valverde del Fresno, en el paraje conocido como “La Cuesta”, en la que la comitiva organizaría su procesión, de la que alguno no volvería, hacia el Teso de la Horca.